اختلاف نظر بر سر ورود مهاجران به آلمان باعث شکاف عمیقی میان دو حزب سوسیال مسیحی و دموکرات مسیحی شده است. رهبر سوسیال‌ مسیحی‌ها گفته است که دیگر نمی‌تواند با صدراعظم مرکل همکاری کند.با وجود تاکید فراوان اعضای بلندپایه دو حزب مسیحی آلمانی بر ادامه‌ی همکاری در ائتلاف دولتی، به نظر می‌رسد که اختلاف نظر دو حزب بر سر پذیرش یا رد پناهجویان تازه‌وارد به آلمان باعث بروز یک تنش تاریخی میان آنها شده است. روز یکشنبه هورست زهوفر، وزیر کشور آلمان و رئیس حزب سوسیال مسیحی در گفت‌وگو با روزنامه‌ی آلمانی "بیلد ام زونتاگ" تاکید کرد که "هیچ کس" در حزب او علاقه‌ای به پایان ائتلاف دولتی و سقوط صدراعظم آلمان، آنگلا مرکل را ندارد. به کانال دویچه وله فارسی در تلگرام بپیوندید این روزنامه نوشت که با وجود تاکید سران دو حزب بر ادامه‌ی همکاری در ائتلاف دولتی، زهوفر در یک نشست داخلی سوسیال مسیحی‌ها گفته است که دیگر نمی‌تواند با مرکل، رهبر حزب دموکرات مسیحی، همکاری کند. بازگرداندن پناهجویان تازه‌وارد وزیر کشور آلمان مصمم است که برای بازگرداندن پناهجویانی که از کشورهای دیگر اروپایی وارد آلمان می‌شوند قوانین و مقررات سخت‌تری وضع کند. او در نخستین اقدام، برای این منظور طرحی تهیه دیده که با مخالفت آنگلا مرکل، رهبر حزب دموکرات مسیحی روبرو شده است. مرکل همواره تاکید کرده است که برای حل معضل پناهجویی باید به دنبال راهکاری در سطح اتحادیه اروپا بود. وزیر کشور آلمان معتقد است که اتحادیه اروپا در آینده‌ی نزدیک قادر به کنترل کامل مرزهای خارجی‌ خود نخواهد بود، به همین دلیل هرکشور عضو اتحادیه باید بر خلاف "توافق شنگن" اجازه‌ی کنترل مرزهای خود را داشته باشد. زهوفر تاکید کرده است که اگر با مرکل به توافق نرسد، به طور یک‌جانبه اقدام به کنترل مرزهای جنوبی آلمان، واقع در ایالت بایرن، خواهد کرد. حزب سوسیال مسیحی تنها در ایالت بایرن فعالیت دارد و در دهه‌های اخیر موفق به کسب اکثریت آراء درانتخابات و تشکیل دولت ایالتی در بایرن شده است. هشدار نسبت به شکست ائتلاف دولتی گونتر بک‌اشتاین، از اعضای بانفوذ حزب سوسیال مسیحی و رئیس پیشین دولت ایالت بایرن در گفت‌وگو با شبکه‌ی دو رادیو بایرن، ضمن حمایت از موضع زهوفر اظهار داشت که کشمکش بر سر ورود مهاجران و پناهجویان آنقدر اهمیت ندارد که بتواند باعث گسستن پیوند میان دو حزب مسیحی شود. بک‌اشتاین تاکید کرد: «اعضای یک خانواده باید بتوانند نظرات گوناگون یکدیگر را تحمل کنند». ژان کلود یونکر، رئیس کمیسیون اتحادیه اروپا در مصاحبه با شبکه‌ی پنج رادیو بایرن نسبت به تک‌روی دولت آلمان در زمینه‌ی سیاست مهاجرپذیری هشدار داد و خواهان تصویب یک قانون پناهندگی فراگیر در سراسر اتحادیه شد. برخی کارشناسان معتقدند که حزب سوسیال مسیحی می‌خواهد از بحران پناهجویی برای کسب اکثریت در انتخابات آتی ایالتی بایرن بهره ببرد. این انتخابات در روز ۱۴ اکتبر سال جاری برگزار می‌شود.