به گفته مطهری، یکی از شعارهای تجمع اخیر قم می‌تواند "سرنخ" تازه‌ای برای حل "معمای" مرگ رفسنجانی باشد. در این تجمع روحانی تلویحا به سرنوشتی مشابه رفستجانی تهدید شد. مطهری خواستار پیگیری مسأله توسط وزارت اطلاعات شده است.علی مطهری، نایب رئیس دوم مجلس شورای اسلامی، طی یادداشتی در شامگاه شنبه (۲۷ مرداد/ ۱۸ اوت) با اشاره به این که شعارهای تجمع اخیر طلبه‌های حوزه علمیه قم "موجب نگرانی" برای این حوزه "از نظر سطح فکر و سیاست بخشی از طلاب" آن شده، خواستار پیگیری مسأله از سوی وزارت اطلاعات ایران شد. مطهری نوشته است: «شعارهایی که در تجمع مدرسه فیضیه قم سر داده شد یا روی تابلوها حمل می‌شد، نشان می‌دهد که لااقل بخشی از حوزه علمیه قم از نظر بینش اجتماعی و سیاسی دچار انحطاط شده است». اشاره علی مطهری به تجمعی در مدرسه فیضیه قم در روز پنج‌شنبه گذشته است که "علما، اساتید و طلاب" شرکت‌کنندگان در آن و موضوع تجمع "مطالبه عدالت اقتصادی" اعلام شده بود. شعارها و پلاکارهای این گردهمایی با حاشیه‌های زیادی همراه بود. بخشی از این شعارها به مخالفت با دولت روحانی و راهکرد او در حل معضلات کشور از طریق مذاکرات مربوط می‌شد. یکی از شعارها تهدید تلویحی حسن روحانی بود. بر یکی از پلاکاردهای تجمع مزبور، با کنایه‌ای آشکار به نحوه درگذشت اکبر هاشمی رفسنجانی، نوشته شده بود که "استخر فرح" در انتظار حامیان مذاکره است. "وزارت اطلاعات پیگیری کند" به گزارش "خانه ملت"، مطهری در ادامه یادداشت خود نوشته است: «در نهادی که مرجع فکری و دینی مردم شناخته می‌شود شعارهایی متناسب با اقشار فرومایه جامعه سر داده شد و تاسف انسان افزایش می‌یابد زمانی که در می‌یابیم که این افراد ابزار دست یک گروه سیاسی واقع شدند و روی دسته پلاکاردهای آنها نوشته شده بود: "لطفا تابلوها را بعد از مراسم تحویل دهید"». مطهری می‌افزاید: «تاسف بیشتر زمانی به انسان دست می‌دهد که می‌بیند یکی از شعارهایی که روی تابلو حمل می‌شد، این بود: ای آنکه مذاکره شعارت / استخر فرح در انتظارت؛ اشاره به رحلت آیت‌الله هاشمی رفسنجانی». نایب رئیس دوم مجلس ایران سپس نتیجه گرفته است: «این شعار می‌تواند سرنخی برای نحوه فوت آن مرحوم باشد که برای بسیاری از اذهان به صورت یک معما باقی مانده است. در واقع مفهوم این شعار این است که آقای رئیس‌جمهور، ما همانطور که سر آقای هاشمی را زیر آب کردیم سر تو را هم زیر آب خواهیم کرد». علی مطهری در نهایت نوشته است: «وزارت اطلاعات باید این موضوع را پیگیری و نتیجه را به اطلاع ملت برساند. شاید ماجرای فوت ناگهانی و غیرقابل باور رئیس فقید مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز روشن شود». به کانال دویچه وله فارسی در تلگرام بپیوندید اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس پیشین مجمع تشخیص مصلحت نظام، ۱۹ دی‌ماه ۱۳۹۵ در استخری در مجموعه سعدآباد غرق شد. ظاهرا تهیه‌کنندگان پلاکارد تجمع قم، به اشتباه استخر مجموعه سعدآباد را که پس از انقلاب ساخته شده "استخر فرح" دانسته‌اند. روزنامه جمهوری اسلامی با اشاره به واکنش‌های گسترده به پلاکارد یادشده در فضای مجازی نوشته بود: «کاربران با دیدن این شعار گفتند این، علاوه بر آنکه تهدیدی علیه رئیس‌جمهور است، نوعی اعتراف به فعال‌بودن دست‌هایی در ماجرای جان باختن آیت‌الله هاشمی رفسنجانی در استخر است».