صحنه سیاسی آلمان شاهد شکاف میان متحدان حزبی بر سر موضوع پناهندگی است. هورست زهوفر، وزیر کشور از حزب سوسیال مسیحی می‌گوید اگر مرکل از او راضی نیست، بهتر است ائتلاف پایان یابد.وزیر کشور آلمان، نسبت به برکناری‌اش در اختلاف نظر با دفتر صدراعظم بر سر سیاست پناهجویی هشدار داد. او در مصاحبه با روزنامه "پاساور نویه پرسه" خطاب به صدراعظم گفته است: «اگر شما وزیری را به این دلیل برکنار کنید که نگران امنیت و نظم کشورش بوده، شاهد بدعتی در جهان خواهیم بود.» هورست زهوفر، رئیس حزب سوسیال مسیحی آلمان است؛ حزبی که تنها در ایالت جنوبی بایرن فعالیت دارد و متحد دیرین حزب دمکرات مسیحی و یکی از سه حزب دولت ائتلافی کنونی آلمان است. زهوفر با یادآوری این موضوع گفته است: «من در پشتیبانی کامل از حزبم عمل می‌کنم. اگر دفتر صدراعظم از کار وزیر کشور رضایت ندارد، بهتر است به ائتلاف پایان داده شود.» پیشینه اختلاف نظر صدراعظم و وزیر کشور آلمان به طرح زهوفر باز می‌گردد که می‌خواهد مهاجرانی را که در سایر کشورهای حوزه یورو ثبت نام کرده‌اند، در مرز آلمان متوقف کند. آنگلا مرکل چنین الگویی را نمی‌پذیرد و بر یافتن راهکاری در سطح اتحادیه اروپایی اصرار دارد. وزیر کشور آلمان معتقد است که اتحادیه اروپا در آینده نزدیک قادر به کنترل کامل مرزهای خودش نیست و به همین دلیل هر کشور عضو، باید برخلاف توافق شنگن، امکان کنترل مرزهای خودش را داشته باشد. زهوفر پیش‌تر گفته که اگر با مرکل به توافق نرسد، به طور یکجانبه، مرزهای جنوبی آلمان را کنترل خواهد کرد. به کانال دویچه وله فارسی در تلگرام بپیوندید در روزهای گذشته بحث بر سر این بود که احتمال دارد در صورت تکروی و پافشاری زهوفر بر این ایده، مرکل او را از کابینه کنار بگذارد. گفته می‌شود که سرسختی زهوفر به خاطر انتخابات ایالتی پیش رو در بایرن است. زهوفر این گمانه‌زنی را رد کرده و می‌گوید: «برای اعتقاداتش مبارزه می‌کند که از پست و مقام مهم‌تر است.» وزیر کشور آلمان افزوده که افراد زیادی روزانه به او می‌گویند استوار بماند و عقب ننشیند: «این مسئله‌ای اعتباری و مرتبط با اعتماد مردم است؛ مسئله‌ای مهم‌تر از جاه و مقام.» حزب سوسیال مسیحی دو هفته قبل از مرکل خواست تا پیش از اجلاس اتحادیه اروپا، به توافقی دوجانبه با کشورهایی دست یابد که پناهجویان قبلا در آنها ثبت‌نام شده‌اند؛ تا بدینوسیله بتوان متقاضیانی را که در مرزهای آلمان متوقف می‌شوند به همان ‌کشورها بازگرداند. زهوفر در میانه ماه مارس و در آستانه تشکیل دولت ائتلافی پس از مذاکراتی فشرده، گفته بود که اخراج سریع‌تر پناهجویانی که تقاضای آنها رد شده از محورهای سیاست وزارت کشور خواهد بود. او از جمله تاکید کرده بود: «آلمان یک کشور باز و لیبرال است و به همین منظور باید برای دفاع از شهروندان خودش دولتی مقتدر داشته باشد.» بر اساس نتایج یک نظرسنجی، در صورتی که سوسیال‌مسیحی‌ها نتوانند خواسته‌های خود مبنی بر بازگرداندن پناهجویان از سر مرزها را به کرسی بنشانند، تقریبا ۷۱ درصد از مردم ایالت بایرن موافق خروج این حزب از دولت ائتلافی هستند؛ موضوعی که به شکست دولت ائتلافی و انتخابات مجدد در آلمان خواهد انجامید. مشکلات ناشی از بحران پناهجویی در آلمان در سال‌های اخیر، بر نتایج انتخابات سراسری ۲۰۱۷ تأثیر منفی شدیدی گذاشت و موجب تقویت احزاب راستگرای خارجی‌ستیز و پوپولیستی شد. ژان کلود یونکر، رئیس کمیسیون اتحادیه اروپا نسبت به تک‌روی دولت آلمان در مهاجرپذیری هشدار داده و خواهان تصویب یک قانون پناهندگی فراگیر در سراسر اتحادیه شده است.