علی مطهری خواستار ورود قوه قضائیه به مساله حصر شد. او "باب شدن" سیاست حصر منتقدان در ایران و آزادی آنان تنها "زمانی که مشرف به موت شوند" را "غلط" و "خلاف شرع" دانست. موضوع حصر مجلس را متشنج کرد.سوال علی مطهری، نایب رئیس دوم مجلس شورای اسلامی، از علیرضا آوایی، وزیر دادگستری ایران، روز سه‌شنبه (۱۶ مرداد/ ۷ اوت) در دستور کار صحن علنی قرار گرفت. مطهری که پیش‌تر از توضیحات آوایی در کمیسیون قضایی و حقوقی قانع نشده بود، انتقاد خود از انفعال قوه قضائیه ایران در موضوع حصر رهبران معترض به نتیجه انتخابات ریاست جمهوری ۸۸ را در قالب سئوال از وزیر دادگستری به صحن علنی مجلس کشاند. علی مطهری در اعتراض به حصر خانگی مهدی کروبی، میرحسین موسوی و زهرا رهنورد به عنوان یکی از موضوعاتی که "منشأ کدورت و تفرقه میان ملت و سیاسیون" شده، خواستار خروج این موضوع از شورای عالی امنیت ملی ایران و رسیدگی قوه قضائیه به آن شد. به گفته نایب رئیس دوم مجلس، ارتباط مسأله حصر با وزیر دادگستری "از آن جهت است که امروز این موضوع جنبه قضایی دارد نه جنبه امنیتی و طبعا به قوه قضائیه مربوط است، نه به شورای عالی امنیت ملی". علیرضا آوایی اما در پاسخ مطهری گفت که وزیر دادگستری در این خصوص "اختیاری ندارد". مطهری که باز هم از توضیحات وزیر دادگستری قانع نشده بود، سوال خود را به رأی گذشت. در این هنگام جواد کریمی قدوسی، از نمایندگان تندروی نزدیک به جبهه پایداری، با صدای بلند اعتراض کرد و از جمله از "فتنه" سخن گفت. "مملکت را به خاک سیاه نشاندید" به گزارش رسانه‌های ایران، این موضوع با واکنش شدید "زنان مجلس" که در ردیف جلوی کریمی قدوسی نشسته بودند، مواجه شد. از جمله سهیلا جلودارزاده، عضو فراکسیون زنان مجلس، در اعتراض به کریمی قدوسی فریاد زد: «مملکت را به خاک سیاه نشاندید و فساد اقتصادی درست کردید. دیگر چه می‌خواهید». در این میان چندین نماینده از جمله الیاس حضرتی، طیبه سیاوشی، فاطمه حسینی، نادر قاضی‌پور، محسن کوهکن و محمدعلی پورمختار و احمد امیرآبادی به این عده پیوسته و تلاش کردند به تنش پایان دهند. جلودارزاده، در اعتراض به کاربرد واژه "فتنه" از سوی کریمی قدوسی، خطاب به او ادامه داد: «میرحسین موسوی هشت سال در این کشور جنگ را اداره کرد». سپس امیرآبادی لحظاتی بیشتر در کنار زنان مجلس باقی ماند و آنان را به آرامش دعوت کرد. سپس سوال مطهری به رأی گذاشته شد. اما نمایندگان با آرایی شکننده رأی به وارد نبودن سؤال او دادند. آنان با ۹۵ رای موافق، ۹۵ رای مخالف و ۱۵ رای ممتنع اعلام کردند که از صحبت‌های آوایی قانع شده‌اند. سپس مسعود پزشکیان، نایب رئیس مجلس که ریاست جلسه را برعهده داشت، تأکید کرد که در جریان این رأی‌گیری "مجلس به حصر رأی نداده"، بلکه تنها به اینکه "رفع حصر وظیفه وزیر دادگستری نبوده" رأی داده است. "اهمیت مضاعف" رفع حصر علی مطهری در جریان طرح سوال خود از وزیر دادگستری از جمله به اهمیت "رفع حصر" در شرایط کنونی اشاره کرد و گفت: «امروز اهمیت پرداختن به این گونه مسائل به خاطر ضرورت اتحاد ملی در جنگ اقتصادی که با آمریکا و اسرائیل در پیش داریم مضاعف شده است. امروز بیش از گذشته نیاز به رفع کدورت‌ها و وحدت ملی داریم. یکی از موضوعاتی که منشأ کدورت و تفرقه میان ملت یا سیاسیون شده است همین مسئله حصر خانگی است». مطهری با استناد به قانون اساسی جمهوری اسلامی، ارجاع مسأله حصر به شورای عالی امنیت ملی ایران را مورد انتقاد قرار داد و گفت: «انجام چنین کاری در چند ماهی که کشور دچار ناآرامی بود توجیه قانونی داشت، ولی بعد از پایان هیجانات و التهابات و استقرار آرامش تا امروز، باقی ماندن پرونده در این شورا محمل قانونی نداشته است، بلکه این وظیفه ذاتی قوه قضائیه بوده است که تکلیف این مسئله را روشن کند». نایب رئیس دوم مجلس ایران همچنین با انتقاد از "کوتاهی" قوه قضائیه در این خصوص و "واگذار کردن تعیین مجازات متهم" به نهادی دیگر گفت: «هیچ‌یک از وظایف سه‌گانه شورای عالی امنیت ملی مذکور در اصل یکصد و هفتاد و ششم قانون اساسی شامل چنین موضوعی یعنی تعیین مجازات برای یک متهم نمی‌شود». او افزود: «چگونه می‌شود که شورای عالی امنیت ملی بدون استماع دفاعیات این متهمان، مجازات حصر خانگی ۷ و نیم ساله و بیشتر را برای آنها تجویز می‌کند و به مجلس و مردم هم پاسخگو نیست. قوه قضائیه و وزیر دادگستری هم صرفاً تماشاگرند و هرجا کم می‌آورند از مقام رهبری مایه می‌گذارند برای آنکه ضعف اراده خودشان را بپوشانند». حصر منتقدان تا آستانه مرگ مطهری همچنین سپردن "بعضی موضوعات به برخی شوراهای عالی مثل شورای عالی امنیت ملی یا شورای عالی انقلاب فرهنگی" که نامی از آنها در قانون اساسی جمهوری اسلامی نیست را "راهی برای دور زدن قانون اساسی خصوصا اصول مربوط به حقوق ملت" دانست. علی مطهری در بخش دیگری از سوال خود از وزیر دادگستری، گفت: «این سیاست که متأسفانه در جمهوری اسلامی باب شده است که منتقدان دارای پایگاه اجتماعی را حصر خانگی می‌کنیم تا زمانی که مشرف به موت شوند، آنگاه آنها را آزاد می‌کنیم، سیاست غلطی است و مخالف شرع و عقل و حقوق شهروندی و قانون اساسی است». او با اشاره به نزدیک به ۸ سال حصر مهدی کروبی، میرحسین موسوی و همسرش زهرا رهنورد، هشدار داد: «اگر یکی از افراد در حالت محصور از دنیا برود مشکل بزرگی برای کشور پیش می‌آید». مطهری همچنین آزادی محصوران را "نشانه اقتدار نظام" دانست و افزود: «قوه قضائیه باید به وظیفه خود یعنی اجرای اصل سی و دوم تا سی و هفتم قانون اساسی عمل کند و مانع ادامه تخلف از قانون شود. اگر آنها [محصوران] مستحق مجازات‌اند، می‌تواند همین هفت سال و نیم حصر خانگی ـ که تحمل آن بسیار سخت بوده است ـ مجازات آنها محسوب شود و آزاد شوند و اگر نیاز به محاکمه است، در اسرع وقت در دادگاه صالح علنی محاکمه شوند تا حقایق بازگو شود و برای مردم معلوم گردد چگونه شد که فردی که ۸ سال نخست‌وزیر بوده و فردی که ۸ سال رئیس مجلس بوده، چنان رفتارهایی از خود بروز دادند؟ و طبعاً باید پرونده متهمان طرف مقابل هم به طور همزمان رسیدگی شود. آنگاه وجدان جامعه آرام خواهد گرفت، چون چیزی جز عدالت و انصاف نمی‌تواند وجدان جامعه را آرام کند». به کانال دویچه وله فارسی در تلگرام بپیوندید نایب رئیس دوم مجلس با بیان اینکه "برخی از مقامات امنیتی و اطلاعاتی" به او گفته‌اند که مجلس می‌تواند از طریق طرح سؤال "کمک اساسی" به حل معضل حصر کند، افزود: «شاید مقام معظم رهبری راضی هستند تا از طریق مجلس موضوع حصر حل شود». امروز همچنین عبدالله ناصری، عضو شورای مشورتی اصلاح‌طلبان با محوریت محمد خاتمی، درباره موضوع دیدار "رهبران اصلاحات و محصورین با سران نظام" که چند روزی است مطرح شده، گفت: «با پیگیری‌هایی که برخی از چهره‌های اصلاح‌طلب در این زمینه انجام دادند و البته تلاش‌های معاون اول، شخص رئیس‌جمهور و دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی، به نظر می‌رسد تلاش‌هایی که عقلا در نظام انجام داده‌اند، به نتیجه می‌رسد و مقدمات آن فراهم شده است». حسین کروبی، فرزند مهدی کروبی، پیش‌تر با استناد به یک "منبع موثق" گفته بود که شورای امنیت ملی ایران رفع حصر را تصویب کرده و "منتظر نظر رهبری" است. اند‌ک زمانی پس از این سخنان اما یکی از اعضای فراکسیون امید گفت که علی لاریجانی، رئیس مجلس ایران، این خبر را تأیید نکرده است. میرحسین موسوی، همسرش زهرا رهنورد و مهدی کروبی، رهبران اعتراضات مردمی به نتایج انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸، از بهمن ماه سال ۸۹ در حصر خانگی و زیر نظر مأموران وزارت اطلاعات به سر می‌برند؛ اقدامی که تاکنون هیچ نهادی در جمهوری اسلامی رسما مسئولیت تصمیم‌گیری درباره آن را بر عهده نگرفته است. حسن روحانی در انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۱۳۹۲ وعده داده بود که مشکل حصر را حل خواهد کرد. رئیس جمهوری اسلامی همزمان رئیس شورای امنیت ملی ایران است.