نیکنام با ابراز خشنودی از پیام رئیس جمهوری به کنگره زرتشتیان از بی‌توجهی دیگر نهادها به حقوق اقلیت‌ها ابراز تاسف کرد. او نماینده منتخب پنجمین دوره شورای شهر یزد است که با دخالت شورای نگهبان از حضور در شورا بازماند.سپنتا نیکنام، عضو زرتشتی شورای چهارم شهر یزد و منتخب پنجمین دوره این شورا در یک پیام توئیتری خطاب به حسن روحانی و علی لاریجانی نوشته از این‌که رئیس جمهوری و رئیس مجلس کشورش به حقوق اقلیت‌ها احترام می‌گذارند به خود می‌بالد. این یادداشت نیکنام در واکنش به پیام‌های روحانی و لاریجانی به یازدهمین کنگره جهانی زرتشتیان که روز شنبه، ۱۲ خرداد کار خود را آغاز کرد نوشته شده است. به کانال دویچه وله فارسی در تلگرام بپیوندید حسن روحانی در پیام خود نوشت: «ایران زادگاه اشوزرتشت، پیام‌آور نیكی‌ها و خوبی‌ها و سرزمین نخست زرتشتیان بوده است و حضور مستمر دین زرتشتی در ایران، نقش تاثیرگذاری بر پیروان آیین الهی در گستره فرهنگ و تمدن داشته است.» رئیس دولت دوازدهم با اشاره به این که آموزه‌های زرتشت "به نوعی بنیان و ذات اندیشه و فلسفه ایرانی را فراهم آورده" افزود: «در نتیجه فرهنگ ایرانی با آموزه‌ها و تفكر زرتشتی عجین شده و آیین فتوت و جوانمردی و پاكدلی، از جمله خصوصیات بارز همه ایرانیان از هر قوم و نژادی گشته است. ما باید قدردان این ریشه‌های مشترک باشیم كه همه ما را با یكدیگر پیوند می‌بخشد و كردار و رفتار ما را شكل می‌دهد.» رئیس مجلس شورای اسلامی نیز در پیام خود به کنگره جهانی زرتشتیان این مناسبت را فرصت شایسته‌ای "در جهت تبیین و بازخوانی آرمان‌های این دین توحیدی یعنی اندیشه نیک، گفتار نیک و کردار نیک" توصیف کرد. «پیام عملی دیگر نهادها» سپنتا نیکنام در صفحه شخصی خود در توئیتر نوشته است: «آقایان روحانی و لاریجانی، به خود بالیدم که رئیس‌جمهور و رئیس مجلس کشورم به حقوق دیگر ادیان احترام می‌گذارند. پیام شما به کنگره جهانی زرتشتیان را شنیدم. اما متاسفانه پیام عملی دیگر نهادها درباره حقوق اقلیت‌ها را بیشتر درک کردم! از قدیم گفته‌اند شنیدن کی بود مانند دیدن!» کنابه نیکنام به "پیام عملی دیگر نهادها" بیش از همه متوجه شورای نگهبان است که جلوی حضور او در شورای شهر یزد را گرفته‌اند و تمام تلاش‌های دو نهاد قانون‌گزاری و اجرایی برای مقابله با این کار ناکام مانده است. شورای شهر یزد ۱۱ عضو اصلی و ۷ عضو علی‌البدل دارد و سپنتا نیکنام، در انتخابات ۲۹ اردیبهشت ۹۶ این شورا، با کسب نزدیک به ۲۲ هزار رأی به عنوان نفر هفتم و برای دومین دوره پیاپی برای عضویت در آن انتخاب شد. آیت‌الله احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان ۲۶ فروردین سال پیش در ابلاغیه‌ای تبصره ۱ ماده ۲۶ قانون انتخابات شوراها را پس از بیش از دو دهه که از اجرای آن می‌گذشت، خلاف موازین شرعی اعلام کرد و خواستار رد صلاحیت نامزدان اقلیت‌های مذهبی در شهرهایی با اکثریت جمعیت مسلمان شد. بر مبنای همین ابلاغیه یکی از رقیبان اصول‌گرای نیکنام که از راه یافتن به شورای شهر یزد بازمانده، شکایتی به دیوان عدالت اداری ارائه کرد و این دیوان با استناد به نظر شورای نگهبان رأی به تعلیق عضویت سپنتا نیکنام در شورای شهر یزد داد. مطابق قانون، عضویت نمایندگان شورای شهر پس از شش ماه غیبت لغو می‌شود و برای نیکنام چند ماهی است این دوره به پایان رسیده است. ناتوانی دولت و مجلس در برابر شش منصوب خامنه‌ای "پیام عملی" محرومیت منتخب زرتشتی شورای شهر یزد از عضویت در این شورا، می‌تواند این نیز باشد که شورای نگهبان با شش فقیه منصوب رهبر جمهوری اسلامی، علی خامنه‌ای از مجموعه دولت و مجلس شورای اسلامی قدرتمندتر است. حسن روحانی شب گذشته (شنبه ۱۲ خرداد) در جمع علما و فرهیختگان اهل سنت گفت: «انسان ناراحت می‌شود از اینکه ببیند یک نفر غیرمسلمان و از اقلیت در کشور در انتخاباتی رأی مردم را به خود جلب می‌کند، اما بعد درباره حضور او در آن جمع یا شورایی که انتخابات در آن انجام شده، شک و شبهه ایجاد می‌شود.» رئیس دولت دوازدهم با بیان این‌که مجلس در این زمینه "گام‌های خوبی" برداشته ابراز امیدواری کرد که این موضوع "با قدم‌های مثبتی" که در مجمع تشخیص مصلحت نظام برداشته می‌شود، به نتیجه مطلوب برسد. روزنامه همشهری ۱۶ فروردین از قول غلامعلی سفید، رئیس شورای شهر یزد و به نقل از رئیس کمیسیون سیاسی- امنیتی مجمع تشخیص مصلحت نظام نوشته بود که احتمال می‌رود حکم "دیوان عدالت اداری" درباره تعلیق عضویت سپنتا نیکنام در این شورا در روزهای آینده لغو شود. اکنون حدود دو ماه از اعلام این خبر می‌گذرد.