مرکل در سفر به قفقاز جنوبی بعد از دیدار از گرجستان و ارمنستان وارد آذربایجان شد. او در دیدار با رئیس جمهور آذربایجان، خواستار انجام میانجی‌گری در مناقشه قره‌باغ شد. مرکل از صادرات گاز دریای خزر به اروپا نیز حمایت کرد.صدراعظم آلمان در باکو گفت که همکاری آلمان با آذربایجان باید توسعه ‌یابد. او با علی‌اف درباره وضعیت حقوق بشر نیز صحبت کرد. صدراعظم همچنین پیشنهاد کرد که آلمان در مناقشه قرهباغ میانجی‌گری کند. به کانال دویچه وله فارسی در تلگرام بپیوندید مهم‌ترین موضوع اقتصادی آلمان و آذربایجان خط لولهایست که قرار است گاز را از طریق گرجستان و ترکیه به جنوب اروپا منتقل کند. اتحادیه اروپا قصد دارد به کمک گاز آذربایجان وابستگی خود به گاز روسیه را کاهش دهد. دالغا خاتیناوغلو، کارشناس نشریه تخصصی "نچرال گس ورلد" درلندن، به دویچه وله فارسی می‌گوید: «آلمان در گرجستان قرارداد اهدای وام ۱۵۰ میلیون دلاری برای یک پروژه ذخیرهسازی گاز را امضا کرد. در آذربایجان درباره فاز دوم خط لوله "دالان جنوبی" مذاکره شد. این خط لوله قرار است تا سال ۲۰۲۱ افتتاح شود و در مرحله اول سالانه ۶ میلیارد متر مکعب به ترکیه و ۱۰ میلیارد متر مکعب گاز به اروپا (یونان، آلبانی و ایتالیا ) تحویل دهد.» مقام‌های آلمان گفتند که مقدار گازی که قرار است از آذربایجان به اروپا وارد شود در آینده افزایش پیدا خواهد کرد. شرکت یونیپر آلمان یکی از مشتریان گاز آذربایجان است که قرار است سالانه یک میلیارد و ۴۵۰ میلیون متر مکعب گاز دریافت کند. این شرکت گاز خریداری شده را در ایتالیا به برق تبدیل کرده، به فروش میرساند. در فاز دوم، ظرفیت تحویل گاز به اروپا در سال ۲۰۲۵ به ۲۰ میلیارد متر مکعب گاز خواهد رسید. اما به یک تامینکننده دیگر گاز نیاز هست تا قوانین ضدانحصاری اروپا نقض نشود. شرکت ملی نفت و گاز آذربایجان هم با آلمان مذاکره کرد. طبق این مذاکره شرکت یونیپر آلمان برای بهبود بهرهوری انرژی در جمهوری آذربایجان با شرکت سوکار یک قرارداد امضا کرد . شرکت وامدهنده هرمس آلمان هم وام ۳۰ میلیون یورویی برای آذربایجان اختصاص داد. میانجی‌گری آلمان در مناقشه قره‌باغ خبرگزاری رویترز در گزارش خود از دیدار مرکل می‌نویسد که منطقه قرهباغ به آذربایجان تعلق دارد اما توسط نیروهای وفادار به ارمنی‌ها کنترل می‌شود. مرکل در دیدار با رئیس جمهور آذربایجان گفت که آلمان قصد دارد کمک کند تا مناقشه قرهباغ به شکل مسالمت‌آمیز حل شود. او تاکید کرد که مناقشه قره‌باغ معضلی برای منطقه است. صدراعظم آلمان پیشنهاد میناجیگری و حل و فصل مناقشه قرهباغ در پای میز مذاکره را در دیدار با رهبر ارمنستان هم طرح کرد. کشور آلمان عضو "گروه مینسک " است. این گروه سالها پیش تشکیل شده ولی تا کنون نتوانسته مشکل قرهباغ را حل کند. مشکل نقض حقوق بشر گزارش‌گران بدون مرز پیش از آغاز سفر مرکل به آذربایجان از او خواستند که موضوع خبرنگاران بازداشتشده در آذربایجان را هم با علی‌اف مطرح کند. مرکل پیش از سفرش گفته بود که موضوع ممنوعیت سفر آلبرت وایلر یکی از اعضای هیات آلمانی را نیز مطرح خواهد کرد. دولت جمهوری آذربایجان از صدور روادید برای آلبرت وایلر به علت سفر وی به قرهباغ کوهستانی بدون گرفتن اجازه از مقامات باکو خودداری کرد. او معاون رئیس گروه پارلمانی آلمان با قفقاز جنوبی است. بحران قره‌باغ در سال ۱۹۸۸ شروع و بعد از فروپاشی اتحاد شوروی (۱۹۹۱) ادامه داشته است. حدود ۲۰ درصد از اراضی جمهوری آذربایجان به تصرف ارمنستان درآمده است. در سال ۱۹۹۴ به کمک گروه مینسک توافقنامه آتش‌بس میان آذربایجان و ارمنستان امضا شد. این تنش تاکنون بیش از ۳۰هزار قربانی بر جای نهاده است.