سخنان دبیر ستاد حقوق بشر قوه قضائیه درباره عبور برخی از عاملان حمله تروریستی ۱۱ سپتامبر از ایران جنجال به پا کرد. شماری از رسانه‌های آمریکایی این اظهارات را تائید اتهام به ایران درباره همکاری با القاعده ارزیابی کرده‌اند.معاون امور بین‌الملل و دبیر ستاد حقوق بشر قوه قضائیه به تازگی در گفت‌وگو با شبکه دوم سیمای جمهوری اسلامی، درباره آگاهی ماموران ایرانی از عبور برخی اعضای شبکه القاعده از این کشور سخنانی گفته که در برخی رسانه‌های منطقه‌ای و آمریکایی بازتاب گسترده‌ای داشته است. محمد جواد لاریجانی با اشاره به گزارش کمیسیون آمریکایی بررسی حوادث ۱۱ دسامبر، همکاری ایران با شبکه تروریستی القاعده را تکذیب کرده، در عین حال گفته که تعدادی از اعضای القاعده که در این حوادث دست داشته‌اند از ایران عبور کرده و ماموران ایرانی به درخواست آنها از مهر کردن گذرنامه‌هایشان خودداری کرده‌اند. دو روز پیش (جمعه ۸ ژوئن/ ۱۸ خرداد) شبکه خبری العربیه، وابسته به عربستان سعودی در گزارشی زیر عنون "اعتراف ایران به تسهیل عبور و مرور عاملان حملات یازده سپتامبر" به بازنشر بخشی از سخنان جواد لاریجانی پرداخت که در شماری از رسانه‌های آمریکایی نیز بازتاب گسترده‌ای داشت. خبرگزاری دولتی ایرنا یک‌شنبه، بیستم خرداد شبکه العربیه را به "بازتاب مغرضانه و شیطنت‌آمیز" سخنان دبیر ستاد حقوق بشر قوه قضائیه ایران متهم کرد و به نقل از این شبکه نوشت: «لاریجانی فاش کرد ایران رفت و آمد اعضای القاعده و عاملان حملات ۱۱ سپتامبر را تسهیل کرد و اجازه داده بدون اینکه پاسپورت‌هایشان مهر شود، از این کشور گذر کنند.» صرف‌نظر از نحوه انعکاس سخنان محمد جواد لاریجانی در العربیه و شماری از نشریه‌ها و منابع خبری محافظه‌کاران آمریکا، اظهارات او تقریبا به همین شکل در رسانه‌های داخلی نیز منعکس شده است. رفت و آمد اعضای القاعده با اطلاع ایران بنابر گزارش‌ها معاون امور بین‌الملل قوه قضائیه با اشاره به گزارش کمیسیون یازده سپتامبر گفته است: «مجموعه گزارش‌هایی بود که این عناصر القاعده که از عربستان می‌خواستند بروند افغانستان یا جای دیگری، این‌ها با پروازها یا زمینی می‌آمدند، دم مرز تقاضا می‌کردند که شما مهرتان را توی پاسپورت ما نزنید، چون اگر دولت عربستان بفهمد ما ایران آمدیم، ما را اذیت می‌کند. بعضی از این‌ها را هم دولت ما قبول می‌کرد مهر نزند، چون ترانزیت بودند، دو ساعت بودند بعد رد می‌شدند می‌رفتند، ولی اطلاعات آمد و رفتشان را داشتند.» پس از حمله‌های تروریستی یازده سپتامبر ۲۰۰۱، به درخواست دولت جورج دبلیو بوش و کنگره آمریکا، کمیسیونی تحت عنوان "کمیسیون ملی حملات تروریستی علیه ایالات متحده" برای تحقیق درباره این حوادث تشکیل شد که در گزارش نهایی آن به عبور شماری از عاملان این حمله از ایران و آگاهی ماموران ایرانی از رفت و آمد آنها اشاره شده است. برخی از رسانه‌های آمریکایی، از جمله "دیلی کالر" و "نیویورک پست" نوشته‌اند که سخنان جواد لاریجانی یافته‌های کمیسیون درباره اشراف دستگاه‌های اطلاعاتی ایران از رفت و آمد عاملان حمله ۱۱ سپتامبر را تائید می‌کند. به کانال دویچه وله فارسی در تلگرام بپیوندید حدود یک ماه پیش دادگاهی در نیویورک، جمهوری اسلامی را "به جرم مشارکت در عملیات ۱۱ سپتامبر" به پرداخت حدود ۶ میلیارد دلار غرامت به بازماندگان و اعضای خانواده قربانیان این حادثه محکوم کرد. «اظهارات بی‌سابقه جواد لاریجانی» به گزارش سایت خبری "فرارو"، هم‌صدا با برخی رسانه‌های آمریکا، وزارت خارجه ایالات متحده نیز در صفحه عربی خود در شبکه توئیتر با نقل بخش‌های از سخنان لاریجانی نوشته است: «معاون قوه قضائیه ایران در اظهاراتی بی‌سابقه اذعان کرد ایران عبور عناصر القاعده را که حملات ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ را انجام دادند، تسهیل کرده است. او آنچه در گزارش کمیسیون ویژه حملات در این خصوص آمده را تایید کرد.» سخنان محمد جواد لاریجانی در برخی از رسانه‌های ایران نیز دست‌کم به طور تلویحی با انتقاد روبرو شده است. "تابناک"، رسانه متعلق به محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام می‌نویسد اظهارات معاون قوه قضائیه "خوراک تازه‌ای" نصیب رسانه‌های تندرو منطقه و غرب برای انتقاد از ایران و حضور منطقه‌ای این کشور کرده است.