چند روز پس از مسدود شدن تلگرام با دستور مقامات قضایی، حسن روحانی در صفحه اینستاگرام خود از این تصمیم انتقاد کرد. او به طور ضمنی رهبر جمهوری اسلامی ایران را مسئول این تصمیم دانست.حسن روحانی روز جمعه ۱۴ اردیبهشت (چهارم مه) در واکنش به مسدود شدن پیام‌رسان تلگرام در صفحه اینستاگرام خود نوشت: «سیاست دولت یازدهم و دوازدهم مبتنی بر ایجاد فضای امن مجازی بوده و نه امنیتی. و تاکنون هیچ شبکه اجتماعی و یا پیام‌رسان توسط این دولت مسدود نشده و نخواهد شد. فیلتر و مسدودسازی اخیر تلگرام نیز نه توسط دولت اجرا شده و نه مورد تأیید دولت است.»

‌‌او می‌گوید این اقدام همچون سال گذشته و زمان برگزاری انتخابات ریاست جمهوری، با حکم قضایی انجام شده است. روحانی افزود: «عدم طی مراحل قانونی امور اجرایی که با استفاده از ابزار قهریه و قضاییه صورت بگیرد، در تعارض با شعار “استقلال آزادی جمهوری اسلامی” و در نقطه مقابل دموکراسی قرار دارد.»

روز دوشنبه ۱۰ اردیبهشت (۳۰ آوریل) بازپرس شعبه دوم دادسرای فرهنگ و رسانه تهران، دستور قضایی فیلترینگ تلگرام را صادر کرد. در این دستور، پیام‌رسان تلگرام به بسترسازی برای ارتکاب انواع جرایم متهم شد.

رییس‌جمهور ایران بدون نام بردن فرد یا نهاد مشخصی تصریح کرد: «اگر در عالی‌ترین سطح نظام، تصمیمی برای محدود کردن یا مسدودسازی ارتباطات مردم گرفته شده است، باید صاحبان واقعی این کشور که مردم هستند در جریان امور قرار بگیرند.»

حسن روحانی از هشتگ‌های “#محرمانه_نداریم، #حکم_سفارشی، #جریان_آزاد_اطلاعات، #حق_انتخاب” در انتهای پیام خود استفاده کرده است.

رییس‌جمهور ایران، رییس شورای عالی امنیت ملی نیز محسوب می‌شود و معمولا تصمیماتی عالی امنیتی توسط این نهاد تصویب می‌شوند. با این حال آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در موارد مختلفی با استفاده از نهادهای قضایی، نظارتی و امنیتی، تصمیم‌های خود را به دولت و یا مجلس تحمیل کرده است.